Framleiðslukostnaður á framleiðslulínum fyrir fiskfóðurköggla er hár.

Margir hafa áhyggjur af því að fjárfestingarkostnaður fiskfóðurkögglavéla sé of hár og ekki þess virði. Reyndar er arðsemi fjárfestingar fyrir fiskfóðurkögglavélar tiltölulega töluverð. Þótt upphafsfjárfestingin kunni að vera mikil, getur heimatilbúið fóður til lengri tíma litið dregið verulega úr fóðurkostnaði, sérstaklega þegar markaðsverð sveiflast mikið, þar sem kostir heimagerðar fóðurs koma enn betur í ljós. Hægt er að móta heimatilbúið fóður í samræmi við þarfir fiskeldis, sem bætir enn frekar skilvirkni eldis.