Framleiðslulínur fyrir fiskafóðurköggla má aðeins nota til að búa til fiskafóður.

Margir telja að fiskfóðurkögglavélar henti eingöngu til framleiðslu á fiskfóðri, en í raun nær notkun þeirra langt umfram það. Fyrir utan fiskafóður er einnig hægt að nota þau til að búa til rækjufóður, krabbafóður og ýmislegt annað vatnafóður. Sumar kögglavélar geta jafnvel unnið alifugla- og búfjárfóður, svo sem kjúklingafóður og svínafóður. Fiskfóðurkögglavélar bjóða upp á mikinn sveigjanleika, sem gerir bændum kleift að framleiða fjölbreytt fóður í samræmi við sérstakar þarfir þeirra.